追溯历史，华西医院起源于由美国、英国、加拿大等国的基督教会1892年在成都创建的仁济、存仁医院；1914年，华西协合大学建立医科，将其作为教学医院。1937年抗战爆发，中央大学、金陵大学、金陵女子文理学院、燕京大学、齐鲁大学内迁成都，与华西协合大学联合办学办医；是时，华西坝大师云集，名家汇萃，盛况空前。1938年7月，组建“华大、中大、齐大三大学联合医院”。1946年，华西协合大学新医院在现址建成，简称大学医院或华西医院。
1950年，新中国人民政府接管华西协合大学，1953年，华大经院系调整为四川医学院，医院更名四川医学院附属医院；1985年四川医学院更名为华西医科大学，医院更名为华西医科大学附属第一医院；2000年10月，四川大学与华西医科大学强强合并，随后学院/医院更名为四川大学华西临床医学院/华西医院。
经过120年的建设，特别是改革开放以来的飞速发展，学院/医院已发展成为学科门类齐全、师资力量雄厚、医疗技术精湛、诊疗设备先进、科研实力强大的综合性研究型临床医学院及教学医院；1990年被卫生部评定为三级甲等医院。
医疗方面，华西医院是中国西部疑难重症诊疗的国家级中心，医疗水平处于全国先进行列。医院占地1173亩，业务用房面积50余万平方米，开放床位4300张，职工8900余人；设38个临床科室，10个医技科室。2012年门诊量（含上锦）3999830人次，出院病人（含上锦）188008人次，手术（含上锦）10.63万台次，平均住院日9.85天；各项医疗质量效率指标持续保持强劲上升态势。在卫生部2010年、2011年、2012年“国家临床重点专科建设”评估中有24个专科进入国家临床重点专科；在复旦大学2009年度、2010年度、2011年度中国较佳专科声誉和较佳医院排行榜上，以综合得分71.45、81.59、89.42连续三年名列全国第二，临床较佳专科声誉连续三年排名全国第二。
教学方面，华西临床医学院是中国著名的医学学府和高等医学教育的国家级示范基地。学院起源于1914年华西协合大学医科，是由美、英、加等国教会完全按西方医学教育模式建立的医学院，毕业生除授本校学位外，同时授美国纽约州立大学医学博士学位，是中国西部较早授博士学位的学院之一。1988年，获卫生部批准办临床医学7年制，2004年获教育部批准办临床医学8年制。
学院现有高级职称专家868人，包括中国科学院院士1名、国家千人计划引进人才2人、国家级教学名师2名、长江学者6名、国家自然科学基金杰出青年11名、博士导师206名、硕士导师346名。拥有临床医学、中西医结合、护理学3个一级学科博士学位授权资格；现有国家重点学科11个，有国家级教学团队2个，国家级精品课程6门，国家级双语示范课程1门，国家级特色专业2个，国家级实验教学示范中心1个；近年主编出版教材190余本，其中获高等教育精品教材8部；在教育部2008年的一级学科整体水平评估中，临床医学排名全国第5，中西医结合排名全国第3。研究生教育设临床医学博士后流动站6个，有博士学位点33个，硕士学位点34个；现有在站博士后60人，在读博士生478人，硕士生1171人，港、澳、台籍学生及外国留学研究生22人；毕业研究生获全国百篇优秀博士论文2篇。本科教育设临床医学、护理学、医学检验、医学技术、康复医学5个专业（系），教研室16个；全日制在读本科学生2179人，港、澳、台籍及外国留学本科生400人。建院以来，学院形成了“严谨、勤奋”的教风和学风，坚持医学“精英、精致、精品”的教育思想，重视学生临床实践能力和综合素质的培养，为国家培养了大批的医学高级专门人才。
科研方面，华西医院是中国重要的医学科学研究和技术创新的国家级基地。有国家重点实验室1个，部级重点实验室2个，教育部网上合作研究中心1个，中心开放实验室29个；设有中国循证医学中心，国家新药、中药安全性评价中心（GLP），国家药品临床研究基地（西药和中药GCP），国家化妆品安全性和功效性检验机构。
近年来，获得包括国家“973”、“863”、“十五”、“十一五”攻关项目，自然科学基金等国家计划项目1000余项，2012年获得科研项目经费2.4亿元；1999年以来获各级政府科技奖150余项；申请专利200余项，获专利授权150余项；发表科技论文名列全国医疗机构前茅，其中被SCI和MEDLINE收录和表现不俗科技论文连续多年名列全国第一；在复旦大学2009年度、2010年度、2011年度中国较佳医院排行榜上，连续三年以科研得分20分名列全国第一。有9种学术期刊在院，均为中国科技论文统计源学术期刊，其中3种被MEDLINE数据库收录。
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