南京市儿童医院是一所集医疗、科研、教学、康复、保健为一体的三级甲等儿童医院。
医院专科齐全，涵盖儿童医疗各个领域。小儿消化科为国家级临床重点专科，小儿心胸外科为江苏省"科教兴卫工程"医学重点学科，小儿肾脏科为江苏省"科教兴卫工程"创新团队，儿童保健科为江苏省妇幼保健重点学科。拥有7个省级临床重点专科（小儿心胸外科、新生儿医疗中心、小儿呼吸内科、小儿肾脏科、小儿外科（含普外科、骨科、神经外科、新生儿外科、泌尿外科、烧伤科、整形科）、急诊医学科、小儿心血管内科），6个市级临床重点专科（小儿神经内科、小儿血液肿瘤科、小儿内分泌科、耳鼻咽喉科、麻醉手术科、康复医学科），是江苏省儿童先天性心脏病诊疗中心、江苏省医疗质量控制中心挂靠单位（新生儿医疗中心、小儿外科）、江苏省"儿科危重症临床护理专业"专科护士培训基地。
医院技术全面，已开展许多世界前沿的先进诊断、诊疗技术和高难度手术，专科特色、专科优势已经形成。心胸外科每年儿童先心病手术1100余例，成功率98%以上，手术较小年龄为出生后17小时，并创造了法洛四联症这一严重先心病连续155例无死亡的国内先进记录。
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